1958年，自民黨雖然勝出日本國會大選，但黨內派系勢力卻起了微妙變化。源自昔日自由黨的佐藤榮作、池田勇人、大野伴睦等派系大獲全勝，而有着民主黨背景的岸信介、河野一郎、石橋湛山等派系失落了不少議席，這直接影響到岸信介在黨內的總裁地位。加上岸信介急於盡早與美國簽訂《美日安保條約》，結果激發了歷時超過一年多的日本左翼政黨（以在野日本社會黨為首）與右翼政黨（以執政自民黨為首）的「安保鬥爭」。

1960年5月19日，日本眾議院投票表決是否承認新的安保條約，岸信介憑藉執政黨的人數優勢，企圖在投票時強行通過。但反對黨的議員佔領了主席台，不讓議長上台，盡全力抵制會議進行。在岸信介的授意下，屬自民黨的眾議院議長清瀨一郎，派出了五百名警察進入議場，強行趕走主要反對黨的議員，並且在他們缺席的情況下，宣佈開會投票。然而，岸信介的行為激怒了日本左派民眾，憤怒的示威隊伍日以繼夜包圍首相官邸，「反對安保」、「打倒岸內閣」的口號聲此起彼落。6月15日，左翼示威群眾集結在國會議事堂外，與在場的右翼分子大打出手，衝突中大批民眾受傷， 東京大學左派學生領袖樺美智子死於這場衝突。三天之後，30萬左派民眾出現在東京街頭，高舉「為樺美智子報仇」的大型標語牌，抗議運動再度升級。6月19日午夜，安保條約最終還是簽署，而岸信介為了緩和內部混亂，只好取消美國總統艾森豪威爾的訪日行程，並承諾為此辭職，由池田勇人繼任。7月19日，岸信介正式下台，結束三年半執政。

辭去首相職務後，岸信介定居在靜岡縣御殿場市的宅邸，因其政商界人脈廣闊，在政界仍保持影響力。1967年，他在第31屆日本眾議院議員總選舉的山口縣選區為女婿安倍晉太郎助選，最終安倍順利當選。1987年（昭和62年）8月7日，岸信介逝世，享耆壽90歲，身後葬於家鄉山口縣田布施町以及靜岡縣駿東郡小山町的富士靈園。