麥哲倫死後，由副手胡安·塞巴斯蒂安·埃爾卡諾帶領船隊繼續航行。1521年11月8日，船隊終於找到當年啟航的目的地------香料群島，即今日印尼的馬魯古群島。船員以廉價物品換取了大批香料，丁香、豆蔻、肉桂等等堆滿了船艙。1521年12月底，船隊準備離開時，卻發現旗艦特立尼達號嚴重漏水。於是船員分成兩組，一組登上維多利亞號馬上出發向西航行，計劃穿過印度洋繞過好望角返回歐洲；另一組修復特立尼達號後向東航行，再次穿過太平洋返回美洲。

不幸的是，葡萄牙已經獲悉麥哲倫船隊的動向，特立尼達號在香料群島亦被葡人扣下，大部份船員被處死或監禁，只有船長埃斯皮羅薩等4人被關了4年後獲釋，輾轉回到西班牙。而維多利亞號走的是葡萄牙壟斷的傳統航道，無法在已知的港口停靠補給，航行十分艱難。
1522年9月6日，維多利亞號終於返抵西班牙，歷時1082天，剩下的18名船員，完成歷史上首次環球航行，成就人類航海史上的一大壯舉。