蓄奴問題及聯邦政府權力與州政府權力問題成為1830年代之後歷次選舉的爭論議題。1860年是美國的大選年，林肯代表新成立的共和黨參加第十六任總統的競選。他的對手是民主黨的史提芬．道格拉斯（Stephen A. Douglas）。道格拉斯是伊利諾州的參議員，一向支持蓄奴合法，他在1854年推出《堪薩斯－內布拉斯加法案》，即兩州人民有權對奴隸制度的合法性進行投票自決，堪薩斯州和內布拉斯加州位於密蘇里協定界線以北，也就是打破三十四年前的君子協定。1860年11月總統投票結果，林肯獲得一百九十萬票，道格拉斯獲得一百四十萬票，其他兩名參選人共獲得一百萬票。林肯的得票主要來自北方自由州，全國303個選舉人票中，他獲得180票，南方十個州沒有一票投給林肯，十五個州的選舉人票沒有投給林肯。這次選舉，明確顯示了美國的分裂。

1860年年底，美國總統選舉後，南方的南卡羅林那州率先宣佈脫離聯邦。當時的總統布坎南沒有強烈行動阻止，等待次年一月林肯上任之後解決。隨後，喬治亞、阿拉巴馬、密西西比、佛羅里達和德克薩斯亦宣佈脫離聯邦。1861年2月9日，南方七州透過公民投票，宣布成立美利堅聯盟國(Confederate States of America，或稱「邦聯」)，前任密西西比州參議員、戰爭部部長戴維斯當選邦聯總統。3月6日，林肯宣誓就職美利堅聯邦第十六任總統，4月17日新上任的總統林肯宣佈南方七州叛亂，徵召七萬五千人征伐叛亂。弗吉尼亞、北卡羅林那、田納西、阿肯色四州加入南方，南方邦聯的首都遷移到弗吉尼亞的里士滿(Richmond )，美國南北戰爭打響。