咸豐九年、十年，清朝正陷入內外交困嚴峻處境：太平軍攻破清朝江南、江北兩座大營，並且攻克清朝最重要經濟重心蘇州、杭州以及經濟命脈江南大運河；英法聯軍攻陷廣州，並且揮軍沿海岸北上，攻擊天津大沽口，直指北京，清軍慘敗，咸豐皇帝倉皇逃走到熱河避暑山莊，英法聯軍攻入北京城。清朝唯一可以倚重的軍隊，就是由地方團練組編而成的湘軍。

咸豐十年四月，清廷「以曾國藩署兩江總督；擢兵部郎中左宗棠四品京堂，襄辦曾國藩軍務」，曾國藩開始獲得地方實權，左宗棠返回湖南招募壯丁，組編「楚軍」五千人為收復浙江作準備。曾國藩另一位幕僚李鴻章，亦返回家鄉安徽招募壯丁，成立「淮軍」。

咸豐十一年七月十七日（公元1861年8月22日），咸豐帝在避暑山莊駕崩，終年三十一歲，由唯一的兒子載淳繼位，年僅六歲，咸豐帝遺詔，以肅順等八位大臣輔政。咸豐帝皇后（慈安）及載淳生母（慈禧）不滿肅順等專權，與留守北京的咸豐帝六弟恭親王奕訢密謀聯手，在年底咸豐帝棺柩及幼主載淳回京時，發動政變，逮捕肅順等八大臣，隨即處死。兩宮太后（慈安、慈禧）垂簾聽政，恭親王為議政王掌握軍政大權，改明年為同治元年。

恭親王信任曾國藩，任命曾國藩「統轄蘇、皖、贛、浙軍務，節制巡撫、提督以下各官」，又接納曾國藩推薦，任命「瑞昌（滿洲人）幫辦浙江軍務；太常寺少卿左宗棠赴浙江勦賊，調遣提、鎮以下官」。於是左宗棠率領楚軍專責征討浙江省太平軍。同時，上海附近民間反清幫會小刀會起事，侵擾上海租界，曾國藩推薦李鴻章率領淮軍，與上海華洋商人所組建的僱傭兵「常勝軍」（又稱洋槍隊，最初由華爾Frederick Townsend Ward指揮，華爾陣亡後，戈登Charles George Gordon為第三任隊長）聯合，在上海、蘇州一帶與太平天國忠王李秀成作戰。曾國藩及其弟曾國荃率領湘軍主力，圍攻太平天國天京（南京）。同治三年六月，湘軍攻入天京，太平天國瓦解。

太平天國侍王李世賢等，在咸豐十一年春進攻浙江，攻陷省會杭州，巡撫王有齡兵敗自殺，太平軍差不多佔領浙江全省。同治元年（1862）年初，左宗棠及布政使蔣益澧等，率領楚軍向浙江省發動反攻。侍王李世賢率領三十萬太平軍據守金華抵抗，展開長達兩年半的浙江全省征戰。同治三年初，左宗棠收復杭州，但太平軍仍然據守部份州縣頑抗。天京陷落之後，李世賢率領太平軍殘部退往福建。

左宗棠從同治三年（1864）初收復杭州，到當年十月前往福建追擊太平軍殘部，先後在杭州任職巡撫九個月，期間左宗棠為浙江省的民生、經濟、教育、人事等政務心勞力竭，浙江省在戰後得以迅速恢復，《清史稿》稱譽宗棠治理浙江「百廢俱興，東南諸省善後之政，以浙江为最」。

左宗棠在浙江最得力的助手，是錢莊伙計出身，憑自身努力，加上商業眼光及官場人脈網絡，壟斷杭州絲綢貿易，有「紅頂商人」之稱的浙江巨富胡雪岩。胡雪岩協助募集軍費，採購軍火，發揮舉足輕重的作用。