1646年，即南明隆武元年年底，鄭芝龍背叛隆武帝，宣布降附清朝，而且親自率領家屬到福州與清將博洛談判，卻被博洛拘留，送往北京軟禁。鄭成功及叔父鄭鴻逵（芝鳳）沒有追隨鄭芝龍，率領部屬繼續抗清。清軍長驅直下，攻陷泉州、漳州，鄭成功母親田川氏（翁氏）被亂兵污辱，自殺而死。鄭成功十分憤慨，發誓與清朝勢不兩立。然而，當時清軍已控制福建陸上大部份地方，鄭成功及鄭鴻逵只能據守一些沿海島嶼，例如廈門、金門、銅山（東山）及廣東潮州的南澳島等，與清軍對抗。當時清軍未有水師，而鄭成功、鄭鴻逵有豐富的海上戰鬥經驗，加上鄭成功擁有明朝「招討大將軍國姓爺」身份，得到不少沿海明朝遺民支持。

國姓爺鄭成功起兵抗清之後，憑藉昔日鄭芝龍所建立的海上貿易勢力，在杭州設立「山五商」，即以金、木、水、火、土為字號的商號，收購絲綢、瓷器、及各種特產貨物，運往廈門，又在廈門設立「海五商」，即以仁、義、禮、智、信為字號的商號，轉運貨物到日本、南洋、荷蘭人佔領的台灣等地，換取白銀、海味、胡椒、香藥等海外物產，並且向路過台灣海峽的商船徵收路費，與荷蘭、葡萄牙、西班牙的武裝商船爭奪海上霸權。

南明自從南京陷落，弘光政權崩潰，清軍長驅南下，一些到南方避難的藩王，在地方官員、士紳擁護之下成立好幾個臨時政權，有些自稱“監國”，有些自稱“皇帝”。例如唐王朱聿鍵在鄭芝龍家族支持下，在福州自稱「紹武皇帝」，魯王朱以海在浙江紹興自稱「監國」。隆武帝與魯王為爭奪名號而不和，結果被清軍逐個擊破，魯王兵敗逃到舟山島，後來依附鄭成功。隆武政權崩潰後，隆武帝之弟朱聿粵（原字是左金右粵）在廣州自稱「紹武帝，而萬曆帝第七子桂王朱常瀛之子桂王朱由榔，從湖廣衡陽逃難到廣東，亦得到兩廣官紳支持，在廣東肇慶號稱「監國」，雙方爭持不下，不久桂王自稱「永曆皇帝」。清軍攻䧟廣州，紹武帝自縊死，永曆帝往逃入廣西。

永曆二年（1648年），鄭成功得知永曆帝已登位，派人往廣西朝貢，永曆帝派使者冊封鄭成功為「威遠侯」，鄭成功奉朔改用永曆年號。永曆三年七月（1649年）晉封鄭成功為「漳國公」，永曆八年八月（1654年9月）又晉為延平郡王。因此後世尊稱鄭成功為「延平郡王」，但鄭成功與永曆帝從未見面。

鄭成功以廈門、金門為據點，號召福建、廣東沿海明朝遺民抵抗清朝，經過幾年努力，發展為一支擁有四萬部眾，數百艘戰艦的強大海上力量。但由於鄭成功的陸上作戰能力薄弱，多次攻打漳州、泉州等城市都遭遇挫敗，然而清朝缺乏水師及海軍將領，對鄭成功侵擾沿海亦無可奈何。

鄭成功在攻漳州、泉州時，收編了一些清朝軍官，例如南安軍官施琅、海澄軍官甘輝、漳州軍官劉國軒等，成為鄭成功的手下猛將。但鄭成功性格暴烈，長期在軍事緊張、經濟困擾、復仇心切的壓力之下，變得猜疑暴燥，喜怒無常。據曾經替鄭成功治病的荷蘭醫生拜耳（C. Beyer)記述，他天天生活在巨大恐懼之中，連自己的親屬、姬妾也不例外，經常因小事以殘酷手段處死。永曆六年（1652）鄭成功準備懲罰大將施琅，施琅逃走，鄭成功大怒，殺死施琅父親及弟弟，施琅再投奔清朝，為清軍訓練水師。清軍攻打廣東揭陽，鄭軍守將蘇茂失守，被鄭成功處死，蘇茂好朋友黃梧投降清軍，向清朝建議「平海五策」：掘鄭氏祖墳；查封鄭氏山海五商，切斷鄭氏金脈；沒收鄭氏家鄉田產；建造游擊小船侵擾廈門鄭氏戰船；最緊要一項，是強制沿海村落百姓遷徙入內地五十里，切斷陸上民眾對鄭成功的支援。

鄭成功的海上勢力，不但對清朝沿海構成威脅，亦成為來自歐洲的海上強權的強勁對手。自從明朝中葉正德、嘉靖以來，葡萄牙、西班牙、荷蘭等來自歐洲的武裝商船陸續來到亞洲東部沿岸，在馬六甲、呂宋島、爪哇、澳門等設立港口、建殖民地，進行海上貿易：向中國輸入白銀、香料、軍火等物資，購買絲綢、瓷器等中國特產，運往歐洲、美洲賺取巨大利潤。