鄭成功的父親鄭芝龍自稱：「少年時已（意尚未成年），不肖，浪跡江湖時，髪尚被面」。據史書記載，芝龍少時聰明英俊，氣宇軒昂，性情蕩逸，不喜讀書，而臂力過人，喜歡耍拳弄棒。其父做過泉州府庫吏，有五個長到成年的兒子；分別以龍、虎、豹、麟、鳳為名。

芝龍是兄弟中的大哥，父親過世後，成為一家之主。明天啓元年（1621），鄭芝龍十七歲，帶著兩個弟弟芝虎、芝豹跑到廣東投奔在澳門做生意的母舅黃程。葡萄牙人自嘉靖年間以澳門為居留地，發展對華貿易，形成了廣州-澳門-馬尼拉的三角航線，由於明朝政府不准許葡人到內地，他們只能僱用福建海商作代理，到廣州購貨，稱為「攬頭」或「閩攬」。些福建攬頭會說葡語，作風進取強悍，而且人數眾多，每到貨場都集齊人馬，配備刀槍，收購貨物事在必行。官員也畏懼幾分。

鄭芝龍在澳門學習經商，增長了見聞，而且逐漸學懂葡語，又受洗皈依天主教，教名為尼古拉斯·賈斯帕（Nicolas Gaspar）。但他仍燒香拜神，先後娶了五房妻妾，完全不守天主教戒律。

天啟三年（1623）七月，鄭芝龍受母舅黃程的派遣，搭乘當時最有勢力的大海商（海盜）李旦的船，押送一批白糖、奇楠、麝香和鹿皮前往日本交易。這趟旅程，改變了鄭芝龍的人生，也讓鄭成功來到世上。

李旦，福建泉州人，又名李習，年輕時從福建往呂宋經商，由於與西班牙人關係良好，接受天主教洗禮，取名安德魯（Andrea Dittis），從事呂宋-中國-日本九州貿易，成為馬尼拉富甲一方的華人領袖，被稱為「華人甲必丹」（即歐洲語言captain首領的譯音）。 1603年馬尼拉爆發排華暴動，大批華人被殺，但李旦逃過劫難，其後轉往日本九州發展。當時日本剛從戰國時代（1467至1590年）的動盪恢復統一，豐臣秀吉在大阪建立幕府，1615年豐臣政權被德川家康取代，在江戶（今東京）成立德川幕府。日本各地藩主實力仍雄厚，尤其是九州各藩：薩摩（今鹿兒島）、熊本、平戶（今長崎西部）、唐津（今長崎北部）等藩，天高幕府遠，仍保持經濟、軍事自主，各藩在轄區內開闢海港、吸引外商（包括中國福建、浙江商人、葡萄牙、西班牙、荷蘭商人，朝鮮、琉球商人等）發展貿易。並且藉幕府名義，發給「朱印狀」作為準許貿易憑證。

李旦以平戶及長崎為根據地，從事「朱印狀」貿易。 1614至1625年間，李旦擁有二十七艘「朱印船」，往來北至日本九州，南至中國澳門及占城國、呂宋之間海域。在日本人、歐洲人眼中他是海上國際貿易商、絲綢茶葉瓷器代理商、財力雄厚的金主；在明朝朝廷眼中，他是海盜、黑幫首領。

年輕的鄭芝龍追隨這位海商（海盜）頭子到了日本平戶。明朝有文人記錄李旦、鄭芝龍的八卦故事，寫道「李習（旦）者，閩之巨商也，往來日本與夷狎（與夷人友好），遂棄妻子娶於夷。芝龍少年姣好，以龍陽事之」，即兩人有男同性戀關係，姑妄聽之。

鄭芝龍到日本平戶不久，結識了一位日本女孩田川女孩。田川姑娘名喜，是平戶人，她生於田川家，後來母親改嫁給從福建泉州移居平戶的華人鐵匠翁翊皇，因此也稱「翁氏」。未幾，鄭芝龍與田川氏（翁氏）成婚，1624年8月，長子出生，取名「福松」，即日後的鄭成功。之後又生下第二子，取名「七左衛門」，過繼給田川家。