隋文帝開皇二十年(公元600年)，農曆三月初九日，原名陳禕的玄奘出生於洛州緱氏縣陳河村，今河南省洛陽市偃師市緱氏鎮。陳氏家族本是儒學世家，數代仕宦，其遠祖陳寔，字仲弓，原籍潁川郡，范曄所著《後漢書》有傳，官至太丘縣縣長，素與東漢晚年的清議名士相善，主張以德感化人。「樑上君子」這典故，就是出自陳寔口中。後來陳寔因得罪權貴而離開官場，移居嵩山之北的緱山陳河村。從此，陳寔的後人便在陳河村繁衍不斷。及至陳禕祖父陳康，乃一代大儒，學識淵博，又通醫道，曾任北齊國子博士，更信奉佛教。陳禕的父親陳慧，據《大慈恩寺三藏法師傳》所載：「美眉明目，身高八尺，褒衣博帶」，頗具六朝名士的氣派，實質上卻是淡泊名利，講究操守的儒者。地方州郡曾舉薦陳慧為孝廉，朝廷雖先後任命他為陳留、江陵縣令等官，但陳慧到任不久都自行掛冠而去，選擇耕讀課子的隱居生活。陳禕母親宋氏，是洛州長史宋欽的女，嫁陳慧後生有四子一女。陳禕排行最細，有三兄一姐，其中二兄陳素，少年便在洛陽淨土寺出家為僧，法號長捷，對大乘《維摩詰經》有所研究，是洛陽頗有盛名的僧人。而傳說陳禕出生時，村內傳來「鳳凰鳴谷」的祥瑞，預示這孩子將來必成大器。

陳禕五歲時母親去世，至十歲時父親亦因病離世，於是由二哥長捷法師帶到洛陽淨土寺撫養和教導。陳禕從少顯露出向佛之心，每逢農曆初一、十五，寺內進行法事前，陳禕總會把淨土寺的殿堂打掃得十分清潔。由於長捷法師擅長講經說法，是淨土寺內少有博學多才的高僧，他在講經時，往往帶上年輕的陳禕，在耳濡目染的氛圍下，小小年紀的陳禕對佛教興趣越法濃厚，並在二哥的指點下開始學習《維摩詰經》等佛經。此時，陳禕雖然仍未剃度出家，但每天早晚都在寺內誦讀佛經，在佛法薰陶的環境下成長，成為了陳禕日後皈依佛門的第一步。