1943年11月，赫魯曉夫隨蘇軍收復基輔。不久後，赫魯曉夫獲任命為烏克蘭人民委員會主席，繼續擔任中央委員會第一書記，集烏克蘭黨政大權於一身。整場二次大戰中，烏克蘭喪失大約530萬人，16萬個工業企業單位和28萬個集體農莊被摧毀。赫魯曉夫重返烏克蘭後，致力於重新加強黨的控制，重建集體農莊，發展經濟。到1945年10月，烏克蘭的煤炭產量已恢復到戰前的40％，鋼為23％，生鐵30％，錳54％，有4000多個大中型工業企業和3000多個手工合作社恢復生產。

另一方面，赫魯曉夫亦按史太林的指示，在西烏克蘭地區推行農業集體化，卻引起當地人民不滿，若干激進份子加入武裝民族主義游擊隊，以對抗蘇聯的管治。