1898年9月，戊戌變法失敗，清廷殺害了譚嗣同等戊戌六君子，更全盤推翻一切改革。這個時候的蔡元培，通過大量閱讀而對西方世界頗有認識，他覺察到清廷已無藥可救，於是斷然辭官，離開翰林院，南下返回家鄉，在當地鄉紳賢達徐樹蘭和紹興知府熊起磻力邀下，於同年12月答允出任紹興中西學堂監督，提倡新學，除聘請名師教導傳統科目外，中西學堂開設了數學、物理、化學、動植物學、法文、日文、體操等新科目，亦聘請日本人為教員。教員更經常在課堂內向學生解說「民權」、「女權」等新思潮，對「君尊民卑」、「男重女輕」的傳統禮教大加駁斥，有時甚至主張激烈的政改和社會革命。於是引起了若干傳統派教員和辦學者的不滿。1900年秋，因不滿守舊派的反對和校董的干涉，蔡元培第一次辭掉「中西學堂」總理之職，後來經他人從中調解，蔡元培又重回紹興，繼續留任中西學堂總理。