1883年（光緒9年），年僅16歲的蔡元培，已經通過了三級童試，即縣試、府試和院試，正式取得「功名」，獲得「秀才」身份，具參加鄉試的資格，以進一步考取舉人身份。蔡元培考取秀才之後的兩年，他在家鄉山陰縣設館教書，並預備鄉試。
1885年（光緒11年），18 歲的蔡元培，首次到省會杭州參加鄉試，未中。據後來蔡元培於《蔡元培自寫年撰》憶述，他第一次到杭州參加鄉試時，學子多達10600人。考試時：「集萬人於考場，偶有精經錯亂，於試卷上亂寫情詩或漫畫雜事，甚而至於自殺的。」由此可見參加科舉考生精神壓力之大，畢竟這是關乎當時所有讀書人一生前途命運的頭等大事。及後蔡元培連考三次，直到1889年蔡元培才成為舉人。

兩年後的1892年（光緒18年），蔡元培在北京通過殿試中進士，成績是二甲三十四名，等於全國的第三十七名，獲點為翰林院庶吉士。這個職位是從進士中選任，明清兩代不少重臣俱由此進入仕途，如張居正、曾國藩。據記載蔡元培的進士策文內容是「西藏的地理位置」，獲時任光緒帝老師的當代名臣翁同龢所賞識，在其日記中讚譽蔡元培為「年少通經，文極古藻」的「俊才」。這時蔡元培才25 歲。